שבר סעד נפחא הוא אחד מתוך חמישה שברי רוחב החוצים את הנגב ממערב למזרח ואלה הם לפי סדר:
1. שבר הצין
2. שבר סעד נפחא
3. שבר רמון
4. שבר עריף בתור
5. שבר תמד
כל השברים הללו, הם שברי תזוזה אופקיים (טרנספורם) בדומה לשבר הסורי אפריקאי. כלומר, הם גורמים לגופי הסלע משני עברי קו השבר לנוע אופקית בכיוונים מנוגדים, זאת בניגוד לשברים האנכיים שמעלים או מורידים גופי סלע, האחד ביחס לשני (שבר הפוך ושבר נורמלי). כל שברי הרוחב בנגב, קדומים לשבר הסורי אפריקאי והם ימניים (השבר הסורי אפריקאי הוא שבר תזוזה שמאלי – הלוח של ערב הסעודית וירדן נע שמאלה ביחס ללוח של ישראל וסיני). מאחר והם קדומים לבקע ניתן למצוא את המשכם מעבר לבקע כשהם מוסטים כ- 105 ק"מ צפונה כמידת התזוזה של הבקע.
כמו כל שברי הרוחב, גם שבר סעד נפחא ניכר במבנים גיאולוגיים אופינים לשבר תזוזה אופקי. מאחר ואינו שובר את קרום כדור הארץ בקו ישר לחלוטין, אלא סוטה מפעם לפעם, ימינה ושמאלה, הוא יוצר מבנים קמרוניים בולטים בנוף (כמו החרמון בבקע) או בורות טקטוניים (גראבנים) בצורת מקבילית (ים המלח והכנרת בבקע).
אם נעבור ממזרח למערב, על פני השבר נגלה את המבנים הבאים החוצים את הנוף הרמתי השטוח של רמת עבדת: בקעת אבו- טרייפה ואחריה בקעת החול בכניסה לנחל חווה, הר סעד, הר נפחא, הר קמר, הר חמרן ולבסוף שלוחת קדש ברנע על קו הגבול עם מצרים. תופעה מיוחדת במינה ניתן למצוא בשני הבורות שבראש הרשימה: הן בבקעת החול והן בבקעת אבו טרייפה, נוכל למצוא חלוקי צור גדולים ומתחתם אבן חול צהובה. הופעה של חלוקי צור בארץ אינה דבר מובן מאליו בגלל הקושי הרב של סלע זה. על מנת שצור יהפוך להיות חלוק מושלם בדומה לגיר ודולומיט, עליו לעבור מסע ארוך ומפרך במיוחד. ההסבר היחיד שבא בחשבון כאן, גורס כי חלוקים אלו מקורם בסלעי צור המצויים בירדן או בערב הסעודית (מכאן גם שמם – צור יבוא)! כיצד אם כן הגיעו אלה לארץ ישראל?
מדובר על כן בנחלים שקדמו לפתיחתו של הבקע הסורי אפריקאי, אשר הסיעו סלעים ממזרח לכיוון הים התיכון הקדום. אותם סלעים הפכו במהלך מסעם מערבה לאבני חול וחלוקים של גיר וצור אשר הורבדו כיחידת סלע המוכרת בשם תצורת חצבה על פני כל מרחב הנגב. עם יצירת הבקע והרמת אזור הנגב, נסחפו בשנית אותם סלעים מן האזורים המורמים ונותרו רק במקומות נמוכים או בשקעים טקטוניים שלכדו בתוכם סלעים אלו דוגמת בקעת החול ובקעת אבו טרייפה.